Veel natuurwaarden zijn afhankelijk van een bepaalde vorm van beheer, zoals begrazing, maaien of het verwijderen van houtige vegetatie. Het beheer wordt uitgevoerd door diverse terrein beherende organisaties, particulieren en verschillende overheden. Binnen het natuurnetwerk kunnen zij, met als uitzondering de overheden, aanspraak maken op provinciale beheersubsidie vanuit de Subsidieregeling Natuur- en Landschapsbeheer Zuid-Holland 2016 (SNL).

In het Natuurbeheerplan geeft de provincie op kaart aan welke natuurbeheertypen er waar voor komen. Voor deze natuurbeheertypen kunnen de beheerders beheersubsidie aanvragen. Voorwaarde om voor subsidie in aanmerking te komen is onder andere dat de terreinen opengesteld zijn voor publiek.

Via de SNL is circa 27.900 ha aan natuurbeheer gefaciliteerd. Dit is minder dan voorgaande jaren vanwege het feit dat de natuurgebieden in de Vijfheerenlanden per 2019 in de provincie Utrecht zijn komen te liggen. Met het faciliteren van het beheer wordt de duurzame instandhouding van de natuur en het behoud van de biodiversiteit beoogd. Ook gerealiseerde nieuwe natuur komt voor natuurbeheersubsidie in aanmerking waardoor de lasten jaarlijks zullen stijgen. Daarnaast nemen de beheerlasten toe door algemene prijsstijgingen.

Het streven is om ook op lange termijn het beheer mogelijk te maken. Om het beheer op de lange termijn te kunnen financieren is een toename in de beheerlasten begroot. Daarnaast wordt gezocht naar mogelijkheden om hierop te kunnen besparen en de middelen zo efficiënt mogelijk in te zetten. Er wordt daarom gewerkt aan het verlagen van de organisatiekosten (niet zijnde de beheerkosten), door:

• te werken met certificering van beheerders vooraf, waardoor minder controle achteraf nodig is
• het geclusterd laten aanvragen van beheersubsidie door natuurcollectieven
• het toepassen van nieuwe verdienmodellen en beheervormen (zoals langjarige afspraken in plaats van zes-jaarlijkse subsidiebeschikkingen).

Zo blijft er zo veel mogelijk geld beschikbaar voor beheer.

De resultaten (kwaliteit) binnen het natuurnetwerk worden ook gevolgd. Er worden jaarlijks gesprekken met de
beheerders gehouden om deze resultaten en de ambities te bespreken. Mogelijk kan dit aanleiding zijn om het
beheer aan te passen.