De Natura 2000-gebieden binnen het NNN hebben een speciale Europese beschermingsstatus; in deze gebieden is specifiek beleid en wetgeving van kracht. In Zuid-Holland liggen 21 Natura 2000-gebieden, waarvan sommige gebieden deels in een andere provincie. Voor alle aangewezen Natura 2000-gebieden is een beheerplan vastgesteld. Alleen voor het Krammer-Volkerak is nog geen beheerplan vastgesteld, hiervoor moet het Rijk eerst het aanwijzingsbesluit vaststellen. Het is onbekend op welke termijn dit zal gebeuren. Voor 12 van deze gebieden is de provincie Zuid-Holland voortouw-nemer voor het opstellen van het beheerplan. Voor de overige gebieden zijn dat andere provincies of het Rijk.

De provincie is verantwoordelijk voor de realisatie van natuurdoelstellingen in de Natura 2000 gebieden en is gehouden hiertoe passende maatregelen te nemen. De natuurdoelen en bijbehorende maatregelpakketten worden in het beheerplan voor een gebied beschreven. Een beheerplan heeft een looptijd van 6 jaar en beschrijft de natuurdoelen en de herstelmaatregelen die nodig zijn om de doelen te halen. Tussentijdse bijsturing vindt zo nodig plaats op basis van de jaarlijkse veldbezoeken en de tussenevaluatie halverwege de beheerplanperiode. Het beheerplan vormt ook het toetsingskader voor de vergunningverlening op grond van de Wet natuurbescherming.
Voor Natura 2000-gebieden is voor de eerste beheerplanperiode de doelstelling 'behoud' van kracht. Dat betekent het stoppen van de achteruitgang. Voor de tweede en daaropvolgende beheerplanperiodes geldt de doelstelling ‘verbeteren’ en soms ook ‘uitbreiding’.

De provincie is verantwoordelijk voor de uitvoering van herstelmaatregelen en uitvoering van monitoring en bijsturing in de gebieden waar de provincie voortouw-nemer is. Voor gebieden in de deltawateren is de provinciale verantwoordelijkheid beperkt tot de uitvoering van maatregelen en monitoring op land en is het Rijk verantwoordelijk voor de uitvoering hiervan op het water.

Informatie over de uitvoering van herstelmaatregelen en de mate van doelrealisatie wordt in verschillende cycli verzameld en gerapporteerd aan het Rijk. Het Rijk rapporteert op haar beurt aan de Tweede Kamer.

• De uitspraak van de Raad van State inzake de PAS heeft geleid tot een gedeeltelijke herijking van de N2000/stikstof-aanpak. Eind 2019 is hiertoe het plan van aanpak “Naar een Gebiedsgerichte Aanpak Natura 2000/stikstof” vastgesteld.
• Als gevolg van de gemeentelijke herindeling Vijfheerenlanden vallen Zouweboezem en Uiterwaarden Lek per 1 januari 2019 onder de verantwoordelijkheid van de provincie Utrecht.
• Voor Polder Broekvelden, Vettenbroek & Polder Steijn is het ontwerp-beheerplan vastgesteld. Definitieve vaststelling wordt voorjaar 2020 verwacht.
• Er zijn in 2019 op circa 460 ha herstelmaatregelen uitgevoerd. Hiermee komt het totaal aantal ha waarop maatregelen zijn uitgevoerd op circa 1.290 ha. Het werkelijke aantal hectare zal nog iets hoger zijn omdat niet alle voortgangsgegevens in hectare vertaald konden worden.